在《 Starlink: Battle for Atlas 》的主線任務，Nintendo Switch版、PlayStation 4版和Xbox One版是共通，玩家可以使用任何角色和星艦進行，當完成任務7之後，就可以自由活動，這時玩家可以自由於凱瑞特星內進行探索。隨著玩家的故事進度，遊戲可以造的事情就會更多，亦會影響可以進行的副任務（STARFOX任務），所以推進主故事是非常重要。
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任務1. 歡迎來到阿特拉斯
內容：把敵人擊倒，因失去動力，墜落凱瑞特星。
任務2. 返回基地
內容：前往二分點號墜落點，把二分點號附近的敵人打倒。
任務3. 精疲力竭
內容：打開星際地圖，前往發出訊號的地方，跟基地內的人交談。
任務4. 突破重圍
內容：協助遠征者科學家摧毀魔鬼機械人巢穴。
任務5. 尋找新星
內容：前往抽取機位置，並將抽取機摧毀。（先清魔鬼機械人，再攻擊球體，當所有球體都打破，就到攻擊抽取機中央紅色位置）
任務6. 失落的技術
內容：拔出抽取機的核心，將它送到岩鎮觀測站。
任務7. 整裝待發
內容：返回二分點號墜落點，打開MENU，為二分點號升級「核心系統」，修復自旋驅動器。成功返回宇宙。
任務8. 飛向星際
內容：啟動引擎飛行返回宇宙後前往二分點號。
任務9. 尋找聖格蘭特
內容：前往海文星，依照指示找到亞伯冶煉廠。
任務10. 淘出答案
內容：協助伊萊尋找稀有礦物，前往指定地點，找出稀有礦脈，用武器把它擊碎，然後撿取稀有礦物，把它帶回亞伯治煉廠。
任務11. 如果你知道調查方向
內容：前往指定地點，駭入墜毀龍艦，待完成駭入便可。
任務12. 格雷克斯是什麼？
內容：前往訊號來源，來到尖塔，利用武器的兩種屬性（火+冰）一同攻擊中心點，成功後打開MENU，為二分點號的「星艦改造區」升級「星艦調整」。
任務13. 花朵能量
內容：前往亞伯冶煉廠與伊萊交談，然後前往微光城遺跡，把微光城遺跡所有烈焰巨人打倒。
任務14. 深入挖掘
內容：用火武器把遺跡大門的冰摧毀，進入內部撿取礦石處理器，把它帶回亞伯冶煉廠。
任務15. 一切的關鍵
內容：打開MENU，為二分點號「核心系統」的「守衛者解碼」升級，然後前往太空，返回二分點號。
任務16. 恐懼釋放
內容：前往索納特斯星。
任務17. 至尊機時間
內容：依照指示摧毀三座抽取機，然後前往指定地點，把至尊機擊倒。（利用火武器攻擊頭部紅色要害後，再用火武器攻擊兩前腳腋下位置，令它頭部要害露出。當它餘下一半體力，它會逃到遠處，改變形態，用火武器攻擊腳上的紅色水晶體，把所有水晶體破壞，會於腹部露出要害，再集中攻擊要害便可。）把尊機擊倒後將核心抽出，並送到霧濱工作站。
任務18. 更新一步
內容：返回太空，回到二分點號。
任務19. 追逐鬼魂
內容：前往維勒斯星，往發出訊號的地方，修理嗄拉的星艦。
任務20. 展現能力
內容：根據嗄拉提供的位置，把巨人打倒後前去和第一護衛軍機庫交談，令他們加入聯盟。
任務21. 召喚希望
內容：在維勒斯星建國一座觀測站，把魔鬼械器人的巢穴內敵人打倒，利用能量合金和新星建立基地。分別建立觀測站、工作站、冶煉廠和軍械庫，特別是軍械庫可作離開後防衛星球。
任務22. 搜尋和救援
內容：擊敗無畏艦。要較輕鬆擊敗無畏艦，首要條件是先把跟它連結的至尊機打倒，所以在前往攻擊無畏艦前，先到各行星解決至尊機。到達無畏艦宙域附近將無法高速飛行，分別攻擊無畏艦的砲台、艦身的畏懼之眼，接著回避導彈攻擊同時攻擊艦頭入口，從艦頭入口走進內部，把核心破壞便可。
任務23. 奪回世界／奪回阿特拉斯
內容：前往凱瑞特星，摧毀各地的抽取機及至尊機，重建凱瑞特星的聯盟，需在魔鬼械器人巢穴建立軍械庫，令星聯佔有比率多於50%，然後利用10個新星，建造星際連塔。
任務24. 星際連結組織
內容：在維勒斯星或頓吉亞星建造星際連塔，然後在艾沙星或奈克融星建造星際連塔。
任務25. 量子跳躍
內容：回到二分點號後，為二分點號進行「星際連結校準」的升級。
任務26. 步步高升
內容：前往阿特拉斯B空域。
任務27. 深入敵營
內容：前往守衛者站點，摧毀龍艦。
任務28. 見機行事
內容：進入無畏艦，把指定無畏艦的核心，然後逃離無畏艦。
任務29. 為阿特拉斯而戰
內容：擊退軍團軍隊，然後擊敗軍團集結體，他會不斷轉屬性，特別是冰火，玩家要根據他的屬性，使用不同武器，一旦轉到重力（紫色）屬性，就要用靜止（黃色）屬性較為有效。
任務30. 拯救阿特拉斯
內容：在阿特拉斯建立100%聯盟。
