玩家開始《超級機械人大戰T》後，就要選擇使用男主角，還是女主角，由於選擇不同的主角，會影響故事前往不同的關卡，所以玩家需因應自己的選擇，參考前往的故事關卡。另外，要進入IF路線需要達到一定條件才可以前往，詳細請參考分歧表的下方部部。以下是整個遊戲故事路線圖…（持續更新中…）
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| 第0話 | 審議編號T1023 | ||
| 第1話 | 男主角-時任才藏 | 女主角-櫻井沙霧 | |
| 專案TND開始 | 特務三課的第一天 | ||
| 第2話 | 宇宙牛仔 | 賞金獵人的藍調 | |
| 第3話 | 燕尾服在火星舞動 | ||
| 第4話 | 戰爭的紅色荒野 | ||
| 第5話 | 哈洛克船長 | ||
| 第6話 | 齊眾骷髏旗下 | ||
| 第7話 | 復仇在我 | ||
| 第8話 | 混亂火星 | 火星狂詩曲 (マーズ‧ラプソディ) | |
| 第9話 | 傳送門追逐戰 | ||
| 第10話 | 新自護的陰影 | ||
| 第11話 | 來自遠方星球的災厄 | ||
| Secret | 以正義和勇氣為友 | ||
| 第12話 | 地上路線 | 宇宙路線 | |
| 無敵！擁抱勇者的人們 | 星之門 | ||
| 第13話 | 復活的Z | 哈曼與少年們（ハマーンと少年達 | |
| 第14話 | (進入第14話前選項: 前往集會／不前往集會) 最大恐怖降臨 |
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| 第15話 | 天空墜落之日 | ||
| 第16話 | 加入治安維持隊 | 加入自由游擊隊 | |
| 門開啟之時 | 星之門 | ||
| 第17話 | 巴朗巴朗的秘寶 | バトリング | |
| 第18話 | 魔法騎士的使命 | 從電腦世界 | |
| 第19話 | 覺醒的傳說 | BIG BATTLE | |
| 第20話 | 漆黑野心 （SR POINT取得方法） |
星の果での楽園 | |
| 第21話 | 心中的小小火炎 | ||
| 第22話 | 為誰而戰 | ||
| 第23話 | 毒與毒與毒 | ||
| 第24話 | 回不來的日子 （SR POINT取得方法） |
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| 第25話 | 特務三課的最後一天 ／ TND計劃凍結 | ||
| 第26話 | 公司和人和榮耀 （SR POINT取得方法） |
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| Secret | 私人任務 （進入條件：我方擁有兩位ACE，GRADE Lv.3） |
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| 第27話 | 樂園與流放者 | ||
| 第28話 | 決戰火星極冠遺跡 | ||
| 第29話 | 各自的驕傲 | ||
| 第30話 | 加入正規部隊 | 加入非正規部隊 | |
| 少年不會回頭 | 一顆水滴的另一端 | ||
| 第31話 | 不安與恐懼的前方 | 歪曲進化 | |
| 第32話 | 聖戰士飛翔 | 闇に蠢く | |
| 第33話 | (進入第33話前選項: 前往集會／不前往集會) 誓願的高達武鬥 |
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| 第34話 | 終焉之日 | ||
| Secret | V交匯 （進入條件：我方擁有五位ACE，GRADE Lv.4） |
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| 第35話 | 地上部隊 | 宇宙部隊 | |
| 無限地獄 | 阿古捷斯激震 | ||
| 第36話 | 光子力 | 兩個新自護 | |
| 第37話 | 月面激鬥 | ||
| 第38話 | 太陽系絕對防衛線 | ||
| 第39話 | 沉睡的光明，覺醒的黑暗 | ||
| 第40話 | 真龍翱翔 | ||
| 第41話 | 大家的幸福 | ||
| 第42話 | 最後的VTX精神 | ||
| Secret | 來訪者X （進入條件：我方擁有十位ACE，GRADE Lv.5） |
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| 第43話 | 馬沙路線 | 哈曼路線 | 獨自路線 |
| 馬沙的想法 | 悲哀的迷途之人 | 混沌宇宙 | |
| 第44話 | 哈曼之淚 | 愛憎の果てに | 沉默之聲 |
| 第45話 | 阿古捷斯的決戰 | 戰士、再び | 墜落的紅色彗星 |
| Secret | 哈曼的流浪 （進入條件：???） |
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| 第46話 | 鋼鐵的7人 | ||
| 第47話 | 鬥志於冰原燃燒 | ||
| 第48話 | 期盼絕望之人 | ||
| 第49話 | 前往無限伸延的未來 | ||
| 第50話 | 看不見的神之意志 | ||
| 第51話 | 通常路線 | IF 路線 | |
| タキシードは明日に舞う | 夢と復讐の果て | ||
| 第52話 | 無限之光 | 超越可能性 | |
| 第53話 | 死闘の先へ | 死闘の果てに扉は開く | |
| 最終話 | 地球に未来を、戦士に祝福を | 船は往く、希望の大海へ | |
*需要達到一定條件才會出現IF路線的選項
今集進入IF路線的條件，除了要有25個駕駛員成為皇牌機師（即撃墜數達60）外，亦要「TAC管理」解放GRADE 6之餘，更需要宿敵點數達4以上，才能進入IF的路線。大家可以參考宿敵點數取方法：
宿敵點數取方法
1.在第8話，主角擊墜露迪+1
2.在第26話，主角擊墜露迪+1
3在第29話，劇情+1點，主角和露迪交戰+1，副主角和露迪交戰+1，主角擊墜露迪+1
4.在第46話，主角擊墜瓦西魯蒙+1
