超級機器人大戰30 的故事系統有別於過去系統，今次以「任務」作為主要關卡，並分區域任務（主 / 關鍵任務）及艦內任務（副）兩種，玩家一開始就要決定前往地上線（極東地區）或宇宙線（L3殖民衛星），從而令取得機體的時間不同，無論是選擇地上線或是宇宙線，往後的任何關卡選擇，都能達最終結局，當完成體驗版的部份，就會進入自由行動的時間，這時玩家可以在「任務」清單中自由選擇任務，建設大家先完成副任務，再攻略主任務，大家可以參考以下列表：（持續更新中…）
有★的代表主任務
※艦內任務屬於副任務，不一定需要完成，但為了強化機體和取得更多資源，在攻略主任務之前，最好先清理副任務（B以上的關卡難度較高）。另外，有部份主任務（以※表示）是可自選擇，但持續放置將會成為緊急任務。
| 宇宙線 | 地上線 | ||
| 啟程之日 加入機體：V DASH高達 |
啟程之日 | ||
| A：リガ・ミリティア / 宇宙の呼ぶ声 | B：目指せ、ヒーロー / チームラビッツ出撃 加入機體：銀河機攻隊 |
A：超電磁合體 加入機體：超力電磁俠 |
B：勇者警察出動 加入機體：勇者警察 |
| 混戰 | 覺醒 加入機體：GRIDMAN |
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| 前往戰亂的大地 | A：吉爾庫斯的黑暗 | B：前往戰亂的宇宙 | |
| A：破壞 | B：吉爾庫斯的黑暗 | MJP的孩子們 加入機體：銀河機攻隊 |
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| 立ち上がる戦士達 加入機體：超力電磁俠 |
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| 接觸潘塔葛納 (コンタクト・ペンタゴナ) 加入機體：重戰機 |
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| 穀神星大戰 (ケレス大戦) 加入機體：重戰機 |
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| ※新的羽翼 (胡索擊墜數達50時解放) 加入機體：V2高達 |
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| ZERO再臨 加入機體：月虹影帥（魯魯修） |
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| 門-JUPITER- 加入機體：GaoFighGar |
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| 聳立之光 (そびえたつ光) 結束後玩家所選擇的答案可影響以後前往「深淵への扉」的難度（詳情請參考隱藏要素） |
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| 覺－MEZAME－ | AHSMB的影子 (アッシュの影) |
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| ※戦場に響く鈴の音(胡索擊墜數達100，同時完成「新的羽翼」) | |||
| ※決戰塞費羅 (決戦のセフィーロ) (魔法騎士+騎士&魔法的機體總擊墜數達150) |
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| ※在宇宙疾馳的閃光 | |||
| 潛入渣斯卡路 (ザンスカール潜入) 加入機體：Nu高達、Z高達 |
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| ※勇者之魂 | |||
| 被淨化的大地 | |||
| 禽-PHOENIX- | |||
| 被盯上的都市學園 | |||
| 伸向自己的思念 | |||
| 早已決定的命運 (主角及三葉擊墜數合共150) 加入機體：凶烏30th |
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| 火焰的合體 加入機體： |
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完成「覺醒」後可進行的副任務（地上線）
「互相信賴的夥伴」
出現條件：自由行動開始後
加入機體：精裝勇者、影丸
「蓋特線的挑戰」
出現條件：自由行動開始後
加入機體：新三一萬能俠<真蓋特飛龍>（龍馬）
「偉大的勇者」
出現條件：自由行動開始後
加入機體：鐵甲萬能俠2號（定邦）
「始 – DEAI-」
出現條件：自由行動開始後
加入機體：牙王凱號（護、戒道）
「異世界的救世主」
出現條件：自由行動開始後
加入機體：魔法騎士<火神雷阿斯、海神瑟雷斯、空神威達姆>（光、海、風）
「Hello! New World!! , Hero & Enemy」
出現條件：完成「異世界的救世主」後（Hello! New World!! 會改名為Hero & Enemy）
加入機體：伊迦爾卡（艾爾）、澤多爾各（奇德）
「魔裝機神」（DLC）
出現條件：自由行動開始後
加入機體：魔裝機神（正樹）
「騎士與騎士的邂逅」（DLC）
出現條件：完成「異世界的救世主」及其中四個或以上的副任務
報酬：—
完成「前往戰亂的宇宙」後可進行的副任務（地上線）
「神聖軍事同盟的戰士們」
出現條件：完成「前往戰亂的宇宙」後
加入機體：V DASH高達（胡索）、V DASH高達HEXA（瑪比得）
「友—NAKAMA—」
出現條件：完成「前往戰亂的宇宙」後
報酬：後援角色「華」加入
「新的故事」
出現條件：完成「前往戰亂的宇宙」後
加入機體：敘述高達A裝備（約拿）
「回歸」
出現條件：完成「新的故事」後
加入機體：百式改
「白色流星的軌跡」
出現條件：完成「回歸」後
加入機體：高達（阿寶）
「鼓動」
出現條件：完成「白色流星的軌跡」後
加入機體：高達Mk-II（加美尤）、麥達斯（花）
「獨自前往荒野」
出現條件：完成「鼓動」後
報酬：量產型Nu Gundam、全武裝高達Mk-II
「鋼之魂」（DLC）
出現條件：完成「前往戰亂的宇宙」後
加入機體：SRX（隆聖）
完成「MJP的孩子們」後可進行的副任務（地上線）
「遺憾與失望」
出現條件：完成「MJP的孩子們」
報酬：強化部件「激情渦輪」、「秘密光碟」
「地球圈防衛戰線」
出現條件：完成「MJP的孩子們」
報酬：強化部件「宇宙護符」
完成「混戰」後可進行的副任務（宇宙線）
「新的故事」
出現條件：完成「混戰」後
加入機體：敘述高達A裝備（約拿）
「遺憾與失望」
出現條件：完成「混戰」
加入機體：
「鋼之魂」（DLC）
出現條件：完成「混戰」
加入機體：SRX（隆聖）
完成「前往戰亂的大地」後可進行的副任務（宇宙線）
「魔裝機神」（DLC）
出現條件：完成「前往戰亂的大地」
加入機體：魔裝機神（正樹）
「蓋特線的挑戰」
出現條件：完成「前往戰亂的大地」
加入機體：新三一萬能俠<真蓋特飛龍>（龍馬）
「始 -TOUJOU-」
出現條件：完成「前往戰亂的大地」
加入機體：牙王凱號（護、戒道）
「異世界的救世主」
出現條件：完成「前往戰亂的大地」
加入機體：魔法騎士<火神雷阿斯、海神瑟雷斯、空神威達姆>（光、海、風）
「Hello! New World!! , Hero & Enemy」
出現條件：完成「異世界的救世主」後（Hello! New World!! 會改名為Hero & Enemy）
加入機體：伊迦爾卡（艾爾）、澤多爾各（奇德）
「あふれ出る悪」
出現條件：完成「前往戰亂的大地」
加入機體：鐵甲萬能俠2號（定邦）
「白色流星的軌跡」
出現條件：完成「回歸」後
加入機體：高達（阿寶）
「オーガスタ追想」
出現條件：完成「白色流星的軌跡」後
報酬：量產型Nu Gundam、全武裝高達Mk-II
「友—NAKAMA—」
出現條件：完成「始 -TOUJOU-」後
報酬：後援角色「華」加入
「勇者の系譜」
出現條件：完成「始 -TOUJOU-」後
加入機體：勇者警察
「互相信賴的夥伴」
出現條件：完成「勇者の系譜」後
加入機體：精裝勇者、影丸
完成「立ち上がる戦士達」後可進行的副任務（宇宙線）
「地球圈防衛戰線」
出現條件：完成「MJP的孩子們」
報酬：強化部件「宇宙護符」
完成「穀神星大戰」後可進行的副任務（地上線、宇宙線共通）
「陽炎、再び」
出現條件：在「互相信賴的夥伴」中用影丸擊墜影狼，完成「穀神星大戰」、忍者刑警影丸擊墜數30以上
加入機體：影狼
「達卡爾失勢」
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：全裝甲型百式改及追加武裝
「從天而降的不死鳥」
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：MxP 3000
「孤高的王牌」
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：MxP 3000
「紅彗星再世」
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：MxP 3000
「淑女&淑女」
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：技能「射擊上升」(擊墜歐傑)、強化部件「狙擊套件 (スナイパーキット)」、MxP 3000
「不期而遇 (エンカウント) 」
出現條件：完成「淑女&淑女」
報酬：強化部件「 ブースター」、技能「技量アップ」、MxP 3000
「交叉點 (クロス・ポイント)」
出現條件：完成「淑女&淑女」及「不期而遇(エンカウント)」後，達巴的擊墜數達40
報酬：L-GAIM Mk-II加入、強化部件「亞曼銀行匯票」、MxP 3000
「奔跑吧！四季如夏的英雄」(DLC)
出現條件：完成「穀神星大戰」
報酬：CREDIT 50000、PP 500、MxP 3000、強化部件「強化推進器」、「JUNK的終端裝置」、技能「氣力突破極限」
「秘密配方是女人的堅持」(DLC)
出現條件：完成「交叉點」
報酬：
完成「聳立之光 (そびえたつ光)」可進行的副任務（地上線、宇宙線共通）
「聯邦軍偶像化計劃啟動」(DLC)
報酬：CREDIT 50000、PP 500、MxP 3000、強化部件「PP資金採集器」、「範圍修復系統」、技能「忽略尺寸修正效果」
「歸 -KIKAN-」
報酬：MxP 3000
「懷念的故鄉」
加入機體：布朗尼、艾爾多拉魂
報酬：MxP 3000、後援角色「溫蒂 & 卡爾曼」加入
「警告」
出現條件：完成「潛入渣斯卡路 」
報酬：MxP 3000
「響徹戰場的鈴聲」
出現條件：胡索的擊墜數達100
報酬：
「重疊數個V之後」(DLC)
出現條件：完成「懷念的故鄉」
報酬：CREDIT 50000、PP 500、MxP 3000、強化部件「槍戰輔助器」、「米諾夫斯基驅動器」、技能「衝刺」
「再臨查布羅」(DLC)
出現條件：完成「潛入渣斯卡路 」
報酬：
「英雄覺醒」(DLC)
出現條件：完成「潛入渣斯卡路 」
報酬：
完成「被淨化的大地」後可進行的副任務（地上線、宇宙線共通）
「法雷恩的皇女」
報酬：
「志積達的暴風」
報酬：
「威脅將至」
報酬：
「逃亡的基瓦薩」
報酬：
「易經卜筮者米雪兒」(DLC)
報酬：
戰線任務（循環任務、共通）
每完成1次變更，不斷挑戰可獲「XX護符」的強化部件
| 任務名 | 事件 | 報酬 |
| 地球圈防衛戰線 | 銀河機攻隊 | |
| L5戰線 | 高達NT | |
| L3戰線 | V高達 | 強化部件「宇宙護符」 |
| 非洲戰線 | Gun x Sword | 強化部件「海洋護符」 |
| 大洋洲戰線 | 騎士&魔法 | |
| 南美戰線 | 三一萬能俠 | |
| 北美戰線 | 魯魯修 | |
| 東亞戰線 | 三一萬能俠 | |
| 西日本戰線 | — | |
| 歐戰線 | — |
