MONSTER HUNTER STORIES 的主故事，就是扮演主角龍特（リュート），成為RIDER的故事，在故事中玩家可以感受主角的成長，以及與好友的關係變化，以下是 主線故事流程 。完成主線故事後，將會追加更多內容讓玩家挑戰，詳情請參考爆機後特典。
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1.「秘密小道」
‧沿小道走，遇上祖華魯（シュヴァル）後跟他交談（此時玩家可以往左小路或右小路進行採集）
‧繼續往前會聽到莉莉亞（リリア）的哨子聲，走到她的前面故事開始。
2.「製作角色」
‧玩家製作代表自己的角色。完成後會自動返回村。
3.「迅龍」來襲
‧回到村後到村長家受訓，之後一匹被黑色氣體包圍的迅龍襲擊村落，祖華魯因而失去母親。
4.「RIDER之儀」
‧事隔一年，主角跟莉莉亞交談後前往「儀式之間」，進行成為RIDER的儀式。在儀式中得到藍速龍（ランボス）的「隨行魔物（オトモン）」。
‧完成準備後可以到村的入口，跟旦（ダン）前輩交談，就可以前往「波魯迪之丘（ボルデの丘）」。
5.「波魯迪之丘（ボルデの丘）」
‧先利用眼前的草食龍來學習戰鬥基本。
‧完成戰鬥基本後沿指示前往「波魯迪山之洞窟（ボルデ山の洞窟）」。記得沿途要採集草藥。
6.「波魯迪山之洞窟（ボルデ山の洞窟）」
‧進入洞窟的最深處，會發動清洗絆石劇情，成功後被黑色氣體包圍的迅龍出現，玩家要把牠擊退。
‧基本上利用「技術（テクニック）」來攻擊就不會輸，但要注意自己的體力。
7. 「尋找魔物蛋」
‧回到哈克姆村（ハクムの村）就能在波魯迪之丘（ボルデの丘）自由探索，然後乘上「隨行魔物」，進入魔物巢穴，取下魔物蛋後回哈克姆村將其孵化。
‧取得新隨行魔物後，跟旦（ダン）前輩交談後再找村長，然後再次找旦前輩，他會要求玩家製作5個回復藥。
‧到在波魯迪之丘尋找青蘑菇（アオキノコ）和草藥（藥草），把用調合製作5個回復藥就可以找旦前輩報告。
8. 打倒青熊獸
‧跟村長交談後依照指示進入「隱世之森（カクセの森）」，一進入就會立即跟青熊獸戰鬥。
‧用SPEED攻擊對付青熊獸比較有效，打倒青熊獸後會自動回哈克姆村。
9.打倒毒速龍
‧由於好友莉莉亞（リリア）和祖華魯（シュヴァル）擅自前往隱世之森，所以要再次進入隱世之森追趕二人，就係隱世之森內，突然受到毒速龍（ドスイーオス）襲擊。
‧把毒速龍打倒後會自動返回哈克姆村。這時玩家可以自由行動，再次跟旦前輩交談，將要接受最後訓練。
10.調查大怪鳥
‧跟旦前輩對戰，最好先到外面提升一下LV，隨行魔物的LV牽達到7以上就可以樂勝。
‧成功贏了旦前輩，就開以正式冒險。前往指示的目的地，跟艾路交談，接受調查大怪鳥的委託，再沿指示走，就可發現大怪鳥（イャンクック）。
‧如果隊伍有青熊獸，在對付大怪鳥時可以用「技術」攻擊來應戰。
‧打倒大怪鳥後可拾獲「貓的士車輪（ネコタクの車輪）」，把它交給艾路，就可以使用「貓的士」服務。
11.前往禁足之地
‧回到哈克姆村跟村長交談後，就要前往禁足之地，穿過隱世之森來到大紫水晶前，受到「兇氣之迅龍」襲擊。
‧在跟迅龍戰鬥時，要先把牠的頭部破壞，不然就無法使用「絆技」。當牠的頭部被破壞時，就會常用力量和速度攻擊，這時只要使用「速度」攻擊，就不會處於下風。
‧把迅龍擊倒後就可以帶到稀有度3以上的隨行魔物，所以記得尋找新的隨行魔物強化隊伍。
12.尋找雪山的隱世高人
‧來到達魯修雪原（タルジュ雪原），沿著指示前往艾特洞窟（エットー洞窟），在洞穴內可以找到暖氣（ホットミスト），使用可以抵擋極寒時出現的凍結狀態。
‧到洞窟深處發現冰牙龍和受傷的少女，為了救這位少女艾尤利亞（アユリア），便帶她到達魯修山小屋。在沿途中會受到白兔獸（ウルクスス）阻擋。
‧白兔獸自要使用「速度攻擊」，如果有大怪鳥使隨行魔物，基本上不難取勝。
13.雪山草
‧艾尤利亞回復意識後要玩家證明自己的實力，於是前往雪山尋夫雪山草，為了前往更高的地方，需要藍速龍的跳躍到達目的地。
‧在目的地採取雪山草後受到化鮫（ザボアザギル）的追擊，牠的體力較多，而且防衛力高，如果有好似青熊獸的力量型魔物，會較為易應付。
‧打倒化鮫後返回小屋，為了令艾尤利亞的傷勢完全回復，於是前往達魯修溫泉（タルジュ秘湯），沿著指示前往目地的。
14.達魯修溫泉
‧在前往溫泉的途中可以挑戰在入口前徘徊的大野豬（ドスファンゴ），牠主要使用力量攻擊，只要多用速度攻擊及常更換隨行魔物就可以取勝。
‧打倒大野豬後進入溫泉，跟各獵人交談後得知艾特洞窟（エットー洞窟）有隻異常的呼嚕呼嚕（フルフル），艾尤利亞就是被牠打傷，跟艾尤利亞交談後可以回小屋。
15.白兔獸
‧回到小屋跟艾尤利亞交談，從龍人得知異常的呼嚕呼嚕是因為「傳承之儀」而誕生，於是吩咐玩家帶白兔獸到小屋。
‧為了令白兔獸成為同伴，用調合製作色彈（ペイントボール）。
‧之後在雪地尋找在徘徊的白兔獸，利用色彈尋找牠的巢穴，把蛋帶回去學習「傳承之儀」。
16.大戰呼嚕呼嚕（フルフル）
‧為了前往基魯迪加蘭（ギルデカラン），沿著指示進入艾特洞窟，在途中被冰阻擋去路，艾尤利亞的冰牙龍把冰打破，讓玩家可以繼續前進。
‧就在前往下一個區域時遇上呼嚕呼嚕（フルフル）。
‧呼嚕呼嚕的體力比較之前遇上的魔物多，最好用炎屬性的大怪鳥和攻擊力高的大野豬來應付。要是破壞頭部，可以防止牠使用「咆哮」。
17.可比尼山地（コベニー峠）
‧在可比尼山地上可以發現很多魔物巢穴，建議玩家可以在此搜索一番，不過見到雄火龍時，還是建議回避為上，因為牠的攻擊力非常之高。
‧穿過可比尼山地就到達基魯迪加蘭。
18.基魯迪加蘭
‧來到基魯迪加蘭（ギルデカラン）後先前往HUNTER GUILD（ハンターズギルド）﹐跟公會MASTER交談後可以自由行動，整理好裝備後進入利維特（リヴェルト）的家。
‧受到委託前往摩索尼平原（モンソーネ平原），在海岸附近把「怒濤之水獸」打倒，之後可以返回基魯迪加蘭報告。
‧水獸會封特技，而且在使用水屬性攻擊之後必定用技術攻擊，所以只要小心應付並不難取勝。
19.採集地獄的蘑菇
‧為了採集地獄的蘑菇，而需進入巴保達密林（バブダ密林），沿著指示走會遇上影蜘蛛（ネルスキュラ）。
‧影蜘蛛主要使用力量攻擊，不過牠有令人睡眠的特技，要靠不停換入隨行魔物才可以防止睡眠，所以玩家要注意。
‧打倒影蜘蛛後可以返回基魯迪加蘭報告。
20.調查彩鳥
‧為了調查彩鳥（クルペッコ），前往摩索尼平原，根據指示行走就會見到彩鳥。
‧因為是劇情戰鬥，所以先把彩鳥打倒，然後才攻擊雄火龍（リオレイア），由於牠的攻擊力很好，所以要特別小心自己的HP。
‧把牠們擊倒後自動返回村去。
21.阻止流沙
‧離開摩索尼平原，沿指示前往，經過古巴沙漠（クバ砂漠）到達查古特（シャクード），一進入查古特，玩家可以自由探索，可以先整理一下裝備。
‧跟洛魯姆（ノルム）村長交談，得知要阻止流沙，於是必須討伐盾蟹、土砂龍和砂龍三匹魔物。
‧古巴沙漠右邊的古巴洞窟可以找到土砂龍。
‧沙漠之丘陵地帶可找到盾蟹。
‧打倒這兩匹魔物後先回查古特報告，此時會遇上一位用絆石以外的力量操控魔物的博士，他們更聲稱會解決砂龍製造的流沙問題。
‧前往指定地方，把被黑氣包圍的砂龍打倒，解決流沙問題，但博士操作的土砂龍發生暴走，於是要先對付暴走的土砂龍。
22.兇氣化角龍
‧一進入阿魯拉克斯村（アルブラクス村）就會立即跟兇氣化角龍（ディアブロス）戰鬥。
‧音爆彈對角龍相當有效，當牠潛入地下時用音爆彈可令牠三回合內不能行動。
‧打倒角龍後可以擁有4星以上的隨行魔物。
23.復興阿魯拉克斯村
‧為了復興阿魯拉克斯村，先要找一匹擁有碎岩技能（岩碎き）的隨行魔物（如大怪鳥），然後把村的大岩石打碎。再跟洛魯姆（ノルム）村長交談後，可以使用隨行魔物探險隊。
‧利用隨行魔物探險隊收集「ドスマタタビ」，收集足夠數量後再找洛魯姆村長。
‧由於跟莉莉亞（リリア）交談，會強制返回基魯迪加蘭（ギルデカラン），所以在此之前先不要錯過跟其他人交談的機會。
24.再會雄火龍
‧回到基魯迪加蘭，為了尋找好友祖華魯（シュヴァル），跟著指示前往目的地。
‧主角首次孵化的雄火龍加入後可以在空中飛行。
25.夫魯完拉特西奧
‧前往「夫魯完拉特西奧（フルクライトジオ）」，到達目的地後跟（ドミール）交談，然後在村中作好準備，再跟拿比魯（ナビルー）交談，就可以往廢坑道去。
26.廢坑道
‧來到廢坑道，敵人都比較強，最好把自己的隨行魔物提升至LV22以上，以及必須帶同一匹擁有碎岩技能的隨行魔物。根據指示前往可以到達操車場。
‧來到操車場必須使用冷凍煙霧（クーラーミスト）來防暑，來到多雲礦山（ドヴァン礦山）會再次遇上瘋狂博士。
‧為了製作大炸彈UG把瘋狂博士設置的阻礙爆破，玩家需要採集「火炎石」，只要根據指示前往艾露集落，就可以取得「火炎石」。回到受阻的地方，在交出火炎石時記得先進行記錄，因為會立即發生戰鬥。
‧被改造的爆鎚龍在爆彈狀態可給予我方200點傷害，幾乎可以一擊令我方死亡，所以要特別小心。
27.尋找假絆石
‧沿指示來到火山頂，遇上迪普利（デブリ），他會跟隨主角進入研究所，此時越是接近目的地，拿比魯的記憶就越清晰。來到研究所深處，瘋狂博士把主角困住，並欲強行搶走絆石，幸好拿比魯及時爆發，成功阻止博士。
‧眾人醒過來後身處垃圾場，同時遇上跟拿比魯同樣古怪的艾露6號，原因他們是受到博士改造而成，還有其他4位艾露，於是決定尋找1號~4號。
‧先到絆石實驟室，在內裡的艾露希望主角能夠協助他們離開，這時會強制跟被改造的ウロコトル戰鬥，取勝後3號會加入。
‧再到標本室，會遇上被改造的草食龍，牠的噴火攻擊非常強，要特別小心。取勝後1號和2號會加入。
‧進入實驗鬥技場，先利用研究所之鍵解放被困的艾露，再進入鬥技場，這時會強制跟被改造的土砂龍戰鬥，他的「ハイメガ泥つぶて」攻擊非常高，要特別注意。
‧1-6號齊集，拿比魯終於記起自所有東西，於是啟動火龍車，再利用密碼5656進入中央大堂，跟博士決戰。
‧初戰要對付被兇氣波及的被改造炎戈龍，同樣牠的攻擊非常高，很容易被1擊打倒，所以要小心體力。當成功打倒炎戈龍後，博士會使出最後絕招對付主角，幸好得到火龍車的協助，最後逃離火山。
‧沒想到祖華魯（シュヴァル）為了打倒被兇氣感染的雄火龍而來，主角為了保護牠而跟祖華魯戰鬥，在這場戰鬥中只需小心體力，捱過幾回合就會自動結束。
28.艾露村（クプニ村）
‧回到「夫魯完拉特西奧（フルクライトジオ）」後，跟多美魯（ドミール）交談，得知船已為主角而開放。
‧走到碼頭通上一位女艾露，牠有希望主角能乘船到艾露村（クプニ村），跟村長交談後，便擁有自己的房間。
‧休息過後到海岸找虎男（トラオ），然後跟救命恩人花子（ハナコ）交談。
‧為求丸鳥之羽（ガーグァの羽），便離開艾露村到「札奧巴夫溪谷（ザオバブ渓谷）」狩獵丸鳥ガーグァ），敵人的實力會再次提升，最好有LV28才完成這個任務。收到4個丸鳥之羽（ガーグァの羽）後返回艾露村找花子，然後再去見村長。
29.肉球海岸（にくきゅうビーチ）
‧跟隨指示前往，便可以到達肉球海岸，在目的地會遇上奇猿狐（ケチャワチャ），打倒牠之後便會強制回艾露村，先跟（マタル村長）交談，再找花子。
‧再次經「札奧巴夫溪谷」到達肉球海岸，到達目的地時會遇上黑狼鳥（イャンガルルガ），為了救花子，便跟黑狼鳥戰鬥。
‧黑狼鳥的弱點是水，主要使用速度和技術攻擊。打倒黑狼鳥找虎男和花子，之後就可以乘船回基魯迪加蘭（ギルデカラン）。
30.基魯迪加蘭（ギルデカラン）
‧回到基魯迪加蘭（ギルデカラン）立即前往書士隊廳舍，為了尋找尼達傳說（レンダ傳說），便走到巴保達密林（バブダの密林），沿途有好多桃毛獸，要特別小心，根據指示會來到稀之棲（稀の棲），此時有艾露集落，可稍作休息。
‧來到尼達壁畫（レンダの壁畫）會見到莉莉亞，在此搜索一番可見到壁畫，然後再往巨大樹進發。
‧在巨大樹前往頂部的途中，會遇上雷狼龍的襲擊，先把大雷光蟲打倒，再集中攻擊雷狼龍。
‧來到頂部發現白龍蛋，怎料被瘋狂博士搶去，只去回書士隊廳舍報告。
31.守護絆原石
‧由於黑之兇氣的影響越來越嚴重，主角不得不先前往守護絆原石，第一個地方就是哈克姆村（ハクムの村），此時村長前來迎接，並指四周已被黑之兇氣的影響，主角決定前往波魯迪洞窟（ボルデの洞窟）去。
‧來到波魯迪洞窟的試煉之間，遇上好友祖華魯（シュヴァル），他決定要消滅曾受兇氣感染的雄火龍，就在戰鬥約5回合，祖華魯的雌火龍不願戰鬥，於是戰鬥結束。
‧沿著指示，去到波魯迪山的奧地，就在絆原石前遇上被改造的轟龍。
‧先把頭部和尾部破壞，令牠不能使用力量和速度攻擊，然後集中攻擊牠。
32.貓村的絆原石
‧成功守護哈克姆村的絆原石後，回到基魯迪加蘭報告，然後得知下一個絆原石位置就在艾露村（クプニ村），來到艾露村從花子得知溪谷已被兇氣入侵，然後前往高台，跟拿比魯的朋友相會，先向5位朋友打聽絆原石的下落，再跟3號、2號、4號、1號、6號順序交談和確認他們的說話，便可以往附近的入口，進入美露的基地。
‧穿過溪谷來到美露的基地，會遇上兇氣化的海龍，先集中對付牠的背電殼，然後再攻擊其他部位。
‧打倒海龍後便可以走到絆原石前，把它回復原狀。
33.巴保達密林
‧主角返回基魯迪加蘭報告，得知下一顆絆原石位於保達密林，經尼達壁畫（レンダの壁畫）進入密林後沿指示進來到霧之獸道。
‧跟隨「雷之引導」就可以到達巴保達的聖域（在進入聖域前會見到貓的士）。
‧在聖域會遇上麒麟，先要破壞牠的頭部，由於牠主要使用速度攻擊，所以只要小心自己的體力就不難取勝。
34.札拉姆遺跡門（ザラム遺跡門）
‧把麒麟擊退後返回書士隊廳舍，得知瘋狂博士在達魯修雪原（タルジュ雪原）以北的札拉姆遺跡門，於是前往達魯修雪原。
‧來到札拉姆遺跡門前，好友祖華魯（シュヴァル）竟然利用博士的發明，強行將白龍蛋孵化。
‧跟白龍對決，先破壞頭部，再破壞尾部，當給予的傷害達一定程度，白龍會失控暴走，祖華魯被彈到山底。
35.西利奧山（セリオン山）
‧穿過西利奧山來到札拉姆遺跡，先後分別需要跟兇氣的獄狼龍、碎龍和恐暴龍戰鬥。
‧在對付獄狼龍時，先要處理大蝕龍虫，再對付獄狼龍。
‧在對付碎龍時，先要破壞頭部，再破壞尾部才可令牠減少1次攻擊。
‧在對付恐暴龍時，由於牠主要以力量攻擊，以及會吸體力，所以要主要自己的體力去應付。
‧把牠們打倒後可以進入頂部祭壇。在往頂層祭壇前有艾露部落，可在那兒回復體力。
36.祭壇
‧來到祭壇前，白龍因受到兇氣影響成為最兇敵人，牠還令兇氣散佈全世界，甚至令主角的雄火龍受兇氣影響。
‧對付雄火龍，最好由雌火龍做拍擋，利用速度攻擊，只要向牠給予一定傷害，就可以發動下一個劇情。
‧雄火龍回復後，正式跟最後BOSS戰鬥，同樣要先要破壞頭部來清除防護罩，再破壞尾部令其不能作2回攻擊，然後才對付正體，要是頭部和尾部復活，就要再次破壞頭部和尾部，因為攻擊力好重要，大約LV43以上可以打倒牠。
