Final Fantasy VII Remake 故事由各Chapter來構成，遊戲大多都會設提示，只要往藍色「！」的方向進，就可以正常推進故事。除了戰鬥中和劇情進行中之外，玩家都可以隨時進行SAVE。由於遊戲設有EXTRA劇情，需要玩家完成指定的劇情部份才可以發動，因此玩家要特別小心，不要遺留。以下是 故事流程 3：
CHAPTER 9—欲望之地
1. 進入第陸區貧民窟的下陷道路，穿過崩塌隧道，來到綠意公園
2. 決定離開時發現陸行鳥車，跟隨陸行鳥車來到圍牆商店街，前往古留根尾宅邸跟雷茲利交談
3. 找三個代理人，先找山姆、再找亞尼安，最後要瑪姆，用3000Gil進行按摩，就可以到地下鬥技場
4. 在地下鬥技場戰勝三場後，雖再戰地獄屋，勝利後找瑪姆，然後Cloud一人找山姆
5. 完成3個支線任務來打發時間，然後到古留根尾宅邸跟雷茲利交談，離開後遇上換裝的Aerith
6. 前往蜜蜂之館，完成音樂迷你遊戲，取得「亞尼安耳環」及「亞尼安的推薦信」
7. 前往古留根尾宅邸，遇上Tifa，之後三人一起接受選擇，最後Cloud被選上，由Tifa和Aerith二人前往古留根尾房跟Cloud會合
CHAPTER 10—心急如焚的水路
1. 來到水路先要打倒阿勃祖（弱點：火），然後在第一水路按下機關，抽起下水道的水，穿過第二水路到沉砂池回廊，啟動發電裝置後把沉砂池回廊的水抽走，拾下「大水路的鑰匙」
2. 利用「大水路的鑰匙」來到七六地區 共通大水路，於管線區透過開關閘門到達另一方，進入第三水路，穿過第三、第二、第一水路和水路間通道來到儲水槽，到控制室把水排走，往地面方向進發
CHAPTER 11—亡靈的惡作劇
1. 來到列車基地，穿過第二調車場C區、B區、A區，進入列車車庫，在車庫內遇上鬼魂
2. 把鬼魂打倒後繞道前往控制室，把閃光鬼魂打倒後重啟電力，再利用起重臂把列車卡回復正軌
3. 穿過列車車庫來到第一調車場的轉車盤，在這兒透過推動列車製造出通道，進入貨物保管區
4. 在貨物保管區打倒埃力格（第1形態弱點：火／第2形態弱點：風／第3形態弱點：冰，可用偷竊來偷取Aerith用的武器），取得勝利後進入第柒區貧民窟
CHAPTER 12—雪崩的死鬥
1. 進入第柒區貧民窟，先把虛無魔物打倒，然後趕往支柱，來到8F時後劇情換上Aerith，前往第七天堂把瑪林帶走
2. 回到支柱劇情，於8F跟Tifa會合，上到最頂層跟雷諾及路德戰鬥
3. 戰勝後逃離支柱
CHAPTER 13— 毀壞的世界
1. 從瓦礫中前進，往六五街道進發，到達Aerith家找回瑪林
2. 跟Aerith母親交談，然後經第陸貧民窟的崩塌隊道，穿過惡賊巢穴，來到綠意公園避難所
3. 回到第染區貧民窟，發現威吉的貓兒，跟隨牠到神羅地下研究所
4. Barret由研究所B6F走到B2F，跟Tifa會合，返回B1F找回威吉
5. 把匿名者打倒（弱點：冰）後跟Cloud會合
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