模控生命的真正目的
當全破遊戲內各種結局，可以看出其實遊戲隱藏不少重要的秘密，其實整個模控生命這家公司，並非單純地透過賣仿生人去賺大錢，而是想借助操控仿生人這個種群，達到控制；甚至擁有整個地球。
事實上，模控生命刻意生產一些會生產獨立意識的仿生人，令仿生人發動抗爭，間接令第三次世界大戰沒有發生，只要仿生人獨立成功，他們就有機會控制世界。
除了康納和馬庫斯之外，全部仿生人都是量產型，智商、行動力、效率都高於人類，不過量產型仿生人即使被馬庫斯或康納轉化後，行為普遍簡單直接，反射單純，完全無條件的跟隨自己的領導者。
那麼只要模控生命控制他們的領導者（馬庫斯或康納），在不久的將來，仿生人族群就會慢慢把地球上的人類淘汰，餘下模控生命的高層。
創造仿生人的卡姆斯基，認為仿生人比人類更出色，人類遲早也會被淘汰，他早就知道模控生命的計劃，於是意見不合離開公司，但他在仿生人的系統上留了「後門」，如果仿生人真的擁有自我思想，他們都可以透過後門脫離模控生命的控制。
當康納成為異常仿生人的首領時，阿曼坦會奪去操控康納系統，而藍色的魔法石就是卡姆斯基給康納的「後門」。
那麼馬庫斯跟康納有甚麼關係？馬庫斯跟康納其實是同一型號的仿生人原型機，二人都是屬於RK特殊型號，不過馬庫斯比較舊一點，他是RK200，卡姆斯基在開發RK100之後離開模控生命，然後開發了RK200的馬庫斯，並把他送給擁有共同思想的好友畫家卡爾。因而他沒有受模控生命監控，且擁有高性能和領導能力，萬一仿生人崛起，他就可以不被操控下擔任領導角色。
而康納比馬庫斯較新，由最初的RK100型號發展而來，型號為RK800，擁有社交模組，能作各項分析功能，能夠與任何小組合作的「完美拍擋」。正正因為是由最初的型號開發至今，禪庭園（監控系統）亦留到RK900，當中的阿曼坦就是監控程式之主，它可隨時奪取康納的控制。由於只是首次用於實際案件，所以未有量產給政府使用。
但無論康納是否異常化，都符合模控生命的利益，康納沒有成為異常仿生人，就可以用他來對付馬庫斯，康納成為異常仿生人的話，亦可以在關鍵時刻從背後控制康納。
所以馬庫斯就是模控生命的最大敵人，因為他們要操控異常仿生人，就必須把馬庫斯除去，因此在耶利哥船上出現阿曼坦直接要求康納消滅馬庫斯。
卡姆斯基與阿曼坦的秘密
阿曼坦跟卡姆斯基是師徒的關係，而事實上阿曼坦早在2027年逝世，所以康納在庭園內見到的阿曼坦，只是阿曼坦留在康納體內的程式中的監控程式，所以阿曼坦不知道在康納體內的程式設下「魔法石」的後門。卡姆斯基因阿曼坦不和，所以隱居等待仿生人醒覺，期待著仿生人崛起逐漸取替人類，把馬庫斯送給好友卡爾，全因卡爾也有同樣的思維，同時亦是對抗摸控生命的種子。
不過即使馬庫斯的革命失敗，而摸控生命的康納無法完成任務；甚至無生產自我意識的話，卡姆斯基就可以乘這個機會重返摸控生命，同時亦會跟大眾作出虛假的承諾，然後繼續對仿生人生產自我意識一環作鑽研，務求達到他的希望。
新型康納
除此之外，要是康納成功完成任務，把馬庫斯除去，RK800型的康納會立即被RK900型的康納取代，把RK800型康納的缺陷修正，更聰明耐用，且會成為政府正式採用的仿生人。當然RK900型的康納仍然會留下卡姆斯基的「後門」。
量產型的卡菈之謎
好多人都不明白，為何量產型的卡菈會是rA9（參考rA9詳細）？其實大家可以參考「影片」內的第一段影片，那是採用PS3引擎製作的首條影片，內容是卡菈被製作出來之後，已經發現有自我意識，原本打算報廢，但最後工程師放過她，讓她繼續當商品出售。而在美術館中描述的卡菈，因為多次被退貨，亦被重置多次，最後落入陶德手上。而陶德指卡菈這個名字是由女兒愛麗絲所取，其實事實上應該是卡菈把自己的名字告訴愛麗絲，大家可參考美術館中的描述。因此卡菈是唯一一個與別不同的量產仿生人；而能夠有資格成為rA9。
優先獲取最新文章與精選內容！
