在 Cities Skylines II 建設城市的時候，會漸漸發現，即使有「沉殿池」，污水仍然清晰可見，影響整個城市觀感，可是一個城市不能沒有排污設施，所以當玩家的城市已經問始上軌道，就會發現海面的污水越來越多，甚至隨水流往其他區域移動，影響其他區塊，究竟要怎樣才可以妥善處理污水問題？筆者實際測試以下方法：
解決污水流動
最初的時候只能靠排污口處理城市的污水，當人口、工廠數量越多，污水就更多，而當時地域所限，排污口除了只能放在一個不影響市民的地方外，同時水流也不會流到抽水站的範圍，而排污口可以升級，甚至加入「沉殿池」，讓排出的污水減少，不過即使淨化率比起使用率高，也是無法阻止污水被排出大海，所以為了其他地區不受污水影響，筆者測試一種方式，比較能夠暫時處理的問題。
先留意污水流動的方向，選擇一個沒有船隻航行的地方，並於污水流動的海域利用「景觀美化」的「地形更變工具」在海底掘一個深坑（按滑鼠右鍵），這個深坑將可以吸收大量的汙水，同時汙水是可以透過淡水而淡化，最終消失，因此這個海底坑變成一個巨型淡化池，除非這個坑充滿了污水，否則污水不會再跟水流流動。
污水處理廠
最終還是必須設置污水處理廠，由於污水處理廠的維持費很高，所以玩家要在有足夠的營利才設置（可參看：如何收支平衡及賺錢）。污水處理廠不宜接受住宅，因為污染大，所以最好就是設在版邊，要留意的是它能為城市供水。
