以下為 超級機械人大戰 ALPHA 故事流程 。遊戲會根據玩家最初選擇使用真實系機體；還是使用超級系機體而前往不同的關卡，全67話；並會在途中設有不同選擇，再分別前往不同關卡。玩家可因自己喜好選擇，同時遊戲進入66話前，根據玩家的熟練度，而往不同的關卡和ENDING。
（以下標題為非官方翻譯，以香港翻譯為主）
| OPENING | ||
| 真實系(リアル系) | 超級系(スーパー系) | |
| 1. バニシング・トルーパー | 1. 鋼鉄のコクピット | |
| 2.黒いガンダム 2.黑色高達 |
2.マジンガーZ絶体絶命 2.鐵甲萬能俠絕體絕命 |
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| 3.ホワイトベース救出 3.救出白色基地號 |
3.ゲッターチーム出撃せよ! 3.三一隊伍出擊 |
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| 4.死神と呼ばれたG 4.被稱為死神的G |
4.ジオン再臨 4.自護再來 |
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| 5.ジオンの亡霊 5.自護的亡靈 |
5.シークレット・ナンバーズ 5.秘密號碼 |
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| 6.対決、極東基地 6.對決、極東基地 |
6.アーガマ撃墜命令 6.亞加瑪擊墜命令 |
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| 7.レッツコンバイン | ||
| 8.出撃!その名はジャイアントロボ 8.出擊！它的名是鐵甲人 |
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| 真實系(リアル系) | 超級系(スーパー系) | |
| 9.未知なる災い 9.未知的災害 |
9.風を呼ぶもの 9.被稱為風之者 |
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| 二選一 A. 前往南阿達利亞島（南アタリア島へ行く） B.前往查布羅 (ジャブローへ行く) |
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| A.南阿達利亞島 | B. 查布羅 | |
| 10.目覚めよ、勇者 10.醒覺吧、勇者 |
10.アムロ再び 10.阿寶再臨 |
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| 11.ガンダム強奪 11.強奪高達 |
11.白いモビルスーツ 11.白色機動戰士 |
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| 12.野望の男 12.具野心的男人 |
12.戦いは誰のために 12.戰鬥是為了誰 |
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| 13.少女が見た流星 13.少女看見流星 |
13.翼を持ったガンダム 13.擁有翼的高達 |
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| 14.父との約束 14.與父親的約定 |
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| 15.使徒、襲来 15.使徒来襲 |
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| 16.咆哮、EVA初号機 16.咆哮、EVA初號機 |
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| 17.GR対GR2 17.GR對GR2 |
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| 真實系(リアル系) | 超級系(スーパー系) | |
| 18.ゼータの鼓動 18. Zeta的鼓動 |
18.紅い稲妻、空飛ぶマジンガー 18.紅色閃電，能飛的鐵甲萬能俠 |
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| 19.二次直上会戦 19.二次直上會戰 |
19.激突!ゲッターロボvsゲッターロボG 19.激鬥!三一萬能俠vs三一萬能俠G |
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| 20.決戦、第2新東京市 20.決戰、第2新東京市 |
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| 以下三選一 A.「與EVA貳號機合流(EVA弐号機と合流する)」 B.「留在極東基地(極東基地に残る)」 C.「與利加接觸(リガ・ミリティアと接触する)」 |
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| A.與EVA貳號機合流 | B.留在極東基地 | C.與利加接觸 |
| 21.聖戦士たち 21.聖戰士們 |
21.獣を超え、人を超え、いでよ神の戦士 21.超越獸、人的神之戰士 |
21.ホンコン・シティ 21.Hong Kong City |
| 22.エレの霊力 | 22.戦いの海へ | 22.ガンダム・星の海へ |
| 23.ナの国の女王 23.娜之國的女皇 |
23.マジンガーZ対暗黒大将軍 23.鐵甲萬能俠對間黑大將軍 |
23.始動ダブルゼータ 23.啟動ZZ |
| 24.オーラロード | 24.ボルテス起死回生 | 24.ソロモンの悪夢 |
| 25東京上空 | 25.シャーキン悪魔の戦い | 25.クロスボーン・バーンガード |
| 26.紅いエヴァンゲリオン 26.紅色EVA |
26.海からのマレビト 26.來自海上的訪者 |
|
| 27.マシン展開 | ||
| 28.EOTの島 | ||
| 真實系(リアル系) | 超級系(スーパー系) | |
| 29.黒い超闘士 | 29.心に念じる、見えない刃 | |
| 選擇 A.以力量壓制的作戰(力押しによる作戦) B. 與2台EVA同時攻擊作戰(エヴァ2体による同時攻撃による作戦) |
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| A.以力量壓制的作戰 | B.與2台EVA作戰 | |
| 30.精霊憑依 | 30.瞬間、心、かさねて | |
| 選擇 A. 用EVA阻止導彈(EVAで弾丸を受け止める) B.把導彈打下(弾丸を打ち落とす) |
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| A. 用EVA阻止導彈 | B.把導彈打下 | |
| 31.奇跡の価値は | 31.ブービー・トラップ | |
| 32.スペース・フォールド 32.SPACE・FOLD |
32.カウント・ダウン 32.COUNT DOWN |
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| 33.アームド・アタック | 33.トランス・フォーメーション | |
| 34.天敵との遭遇 | 34.隠された殺意 | |
| 35.イングラムの真意 | 35.サタン・ファイト | |
| 36.ミス・マクロス | 36.リン・ミンメイ | |
| 37.木星からの逃亡者 | 37.ジュピトリアン | |
| 38.人類を導くもの | 38.帝国の女王 | |
| 39.ファースト・コンタクト | 39.終末への前奏曲 | |
| 40.ビッグ・エスケープ | ||
| 41.バイバイ・マルス | ||
| 以下三選一 A. 與リーンホースJr同行(リーンホースJr隊) B. 與ゴラオン同行(ゴラオン) C. 與グランガラン同行(グランガラン) |
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| A.リンホースJr | B.ゴラオン | C.グラン・ガラン |
| 42.アクシズからの使者 | 42.父よ地球は近い | 42ジュピター・ゴースト |
| 43.プルとアクシズ | 43.静止した闇の中で | 43.宇宙に咲く妖花 |
| 44.リィナの血 44.莉娜之血 |
44.赤い髪の女 44.紅髮的女性 |
44.ゼロと呼ばれたガンダム 44.被稱為ZERO的高達 |
| 45.漆黒の天使来たりて | 45.神か、悪魔か… | 45.強襲、阻止臨界点 |
| 真實系(リアル系) | 超級系(スーパー系) | |
| 46.第三の力 46.第三力量 |
46.龍と虎 46.龍與虎 |
|
| 47.男の戦い 47.男性的戰鬥 |
||
| 48.誰がために鐘は踊る | ||
| 49.進路に光明、退路に絶望 | ||
| 50.ヴァリアブル・フォーメーション | ||
| 以下三選一 A. 與ラーカイラム隊同行(ラーカイラム隊) B. 與ゴラオン同行(ゴラオン) C. 與グランガラン同行(グランガラン) |
||
| A.ラーカイラム隊 | B.ゴラオン | C.グラン・ガラン |
| 51.ダカールの日 | 51.あしゅら男爵散る | 51.ガラスの王国 |
| 52.バイブレーション | 52.魔神皇帝 | 52.王国崩壊 |
| 53.ソロモン攻略戦 | 53.地球を賭けた一騎打ち | 53.クロスファイト |
| 54.女たちの戦場 | 54.思い出を未来へ | 54.異邦人たちの帰還 |
| 55.駆け抜ける嵐 55.奔騰的風暴 |
55.父の胸で泣け! 55.在父親胸前泣喊 |
55.女王リリーナ 55.女皇莉莉娜 |
| 56.ジオンの幻像 56.自護的幻像 |
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| 57.天使の輪の上で 57.在天使之輪上 |
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| 選擇 A. 前往エンジェルハイロゥ(エンジェルハイロゥに行く) B.前往阿古捷斯(アクシズに行く) |
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| A.エンジェルハイロゥ | B.アクシズ | |
| 58.勝者と敗者に祝福を 58.把祝福送給勝利者和落敗者 |
58.神の国への誘惑 58.往神之國的誘惑 |
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| 59.せめて、人間らしく 59.最系像人類 |
59.クロス・ターゲット 59.CROSS TARGET |
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| 60.最後のシ者 60.最後的使者 |
60.戦士、再び 60.戰士再騎 |
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| 61.運命の矢 61.命運之矢 |
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| 62.愛・おぼえていますか 62.可有記起愛 |
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| 63.終わりの始まり 63.終結的開始 |
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| 64.Air | ||
| 65.ギア・オブ・デスティニー 65. GEAR OF DESTINY |
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| 熟練度高於45 | 熟練度低於45 | |
| 66.絶望の宴は今から始まる 66.絶望宴會從現在開始 |
66.人類に逃げ場なし 66.人類沒有逃離之所 |
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| 67.この星の明日のために 68.為了這星球的明天 |
67.鋼の塊 67.鋼之塊 |
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