以下是 薩爾達傳說 王國之淚 故事流程 。由於本作跟前作一樣是開放式的世界，所以除了少部份的流程是固定之外，有很多部分不一定需要跟隨流程，途中可以做很多不同的事情，這兒只是列中主線故事，其他支線將會在其他頁面細說。
1.海拉魯城地下
◆與薩爾達公主海拉魯城地下探索，進入遺跡深處發現木乃伊
2.初始空島
◆林克醒來拾起腐朽的Master Sword，離開洞穴後，來到初始空島，從管家魔像取得普爾亞平板，前往時之神殿。
◆由於力量不足，要完成三個神廟的挑戰，才能繼續前進。要注意的是前往古塔恩巴奇神廟需要擁有防寒衣物，或食用保暖料理才能前往。（防寒對策）
推薦完成順序
1-烏可烏侯神廟（取得「究極手」）
2-伊恩伊薩神廟（取得「餘料建造」）
3-古塔恩巴奇神廟（取得「通天術」）
◆前往時之神殿，調查勾玉，獲得「倒轉乾坤」能力，利用這能力繼續前進，可是需要更多生命力才能打開大門，於是前往「納裘亞哈神廟」，活用「倒轉乾坤」（時間倒流）能力就可以通過。
◆再一次回到時之神殿，向女神像祈禱，取多一生命之心後，就可以打開大門，一直往前進到盡頭，腐朽的Master Sword消失…
3.尋找薩爾達公主
◆前往海拉魯大地，無論多高，只要向水面（除寒冷天氣下的水面）跳進去就沒事
◆往中央的監視保壘進發，然後找位於2階的普爾亞，然後前往海拉魯城的三殿門找霍司塔隊長，在遠處看見薩爾達影子
◆返回監視保壘找普爾亞，到中央的避難壕休息後，到監視保壘的鳥望台找普爾亞，取得「滑翔傘」，解放周邊的地圖
4.四個地區的異變調查
◆普爾亞委託林克到西北部的海布拉、東北部的奧爾汀、西南部的格魯德及東部的拉聶爾4個地方調查，從這兒開始玩家的行動完全自由。同時也會出現另一個主劇情挑戰「拍下地底人」，開通地下世界以及取得最後一個能力「藍圖」，由於這個劇情線會再衍生多個情節挑戰，所以詳細請到「薩爾達傳說 王國之淚 地底世界攻略」。
推薦前往順序
1-西北部的海布拉（西北部的海布拉→利特村→風之神殿）<詳細攻略>
2-東部的拉聶爾（東部的拉聶爾→卓拉領地→水之神殿）<詳細攻略>
3-東北部的奧爾汀（東北部的奧爾汀→哥朗城→炎之神殿）<詳細攻略>
4-西南部的格魯德（西南部的格魯德→ゲルドの街→雷之神殿）<詳細攻略>new !
◆完成4個地區的調查後找普爾亞
5. 海拉魯城堡的異變2
◆進入海拉魯城堡最深處，召喚盟友，共同打倒 ファントムガノン
未完…（真ENDING 條件）
